Yu ☆ ​​Gi ☆ Oh! 5D's , ambientado em um futuro não muito distante, é a continuação de Yu ☆ ​​Gi ☆ Oh !: Duel Monsters GX . Na sequência de seus antecessores, o show é centrado no Duel Monsters Card Game.

Neo Domino City, uma cidade mais nova e evoluída, é a maior do mundo, supervisionada por seu diretor, Rex Godwin. Satélite, o renomeado Domino City, é hoje a principal área de eliminação de resíduos da cidade e os habitantes que vivem lá, satélites, vivem em más condições e são proibidos de duelo.

Fudou Yuusei, o principal protagonista do show, construiu uma D-Wheel (usada para a nova forma de duelo, Riding Duels) na esperança de que ele possa escapar para a cidade de Neo Domino. Estimulado por vingança contra Jack Atlus, o Rei dos Duelos de Equitação, ele consegue escapar e duelar com Jack por seu precioso cartão, Stardust Dragon. No entanto, quando é convocado junto com o ás monstro de Jack, Red Demons Dragon, um maravilhoso Crimson Dragon aparece, junto com uma misteriosa Birthmark no braço de Yuusei.

A partir de agora, Yuusei e seus amigos são jogados em um mundo de Escuridão, do qual eles devem duelar e tentar salvar o mundo das forças destrutivas que logo aparecem.

(Auto Tradução / Temporário)