Em "Kidou Senshi Gundam 00 Second Season", a história avança quatro anos após a conclusão da primeira temporada, com a Celestial Being retomando sua luta contra a opressão e injustiça, usando seus avançados Mobile Suits chamados Gundams. A temporada introduz novos inimigos, como a A-Laws, uma força militar sob o controle da Federação da Terra, que usa métodos brutais para manter a ordem e suprimir a resistência. Os pilotos da Celestial Being enfrentam desafios internos e externos, lutando não apenas contra seus inimigos, mas também com seus próprios demônios e dúvidas, enquanto buscam criar um mundo verdadeiramente pacífico.