Microid S acompanha três jovens que são encolhidos ao tamanho de insetos após um experimento científico. Agora com corpos híbridos entre humanos e insetos, eles passam a viver em um mundo gigante e perigoso, enfrentando criaturas hostis e ameaças ambientais. Usando suas novas habilidades especiais, o trio luta para proteger tanto os humanos quanto os pequenos seres da natureza, enquanto busca uma forma de reverter a transformação. A série mistura aventura, ficção científica e drama ecológico em uma jornada de sobrevivência e descoberta.