No ano de 0079 da Era Universal, a Federação da Terra e o Principado de Zeon se enfrentaram em lados opostos na mortal Guerra de Um Ano. Durante um confronto, o notório piloto de Zeon, Char Aznable, deu um jeitinho e invadiu uma base inimiga, dando o bote em um traje móvel protótipo chamado Gundam. Com essa arma poderosa, Char botou pra quebrar e ajudou seus aliados a cravar uma vitória decisiva. Porém, num azar dos grandes envolvendo a tecnologia avançada do Gundam, Char sumiu do mapa junto com seu icônico traje móvel vermelho.

Seis anos mais tarde, a guerra ainda pipoca em alguns cantos. A adolescente Amate "Machu" Yuzuriha vive numa colônia espacial sossegada com sua mãe. Enquanto seus colegas ralam em escolas intensivas, Machu tá doida por uma vida mais agitada. Seu desejo é atendido com a queda estrepitosa do Gundam QuuuuuuX, um traje móvel de última geração usado por um esquadrão de soldados de Zeon. Machu descobre ter um dom natural com o traje e o usa para dar um chega pra lá nas forças da Federação. Ela conta com a ajuda do enigmático Shuuji Itou, que pilota um Gundam incrivelmente parecido com o que foi usado pelo desaparecido Char.

Sem que Machu saiba, sua treta é flagrada por uma galera aficionada por mechas que usam trajes móveis para duelar em duplas como esporte competitivo. Na busca por uma vida emocionante e conexão humana, Machu se junta a Shuuji e mergulha numa série de batalhas de clãs que vão esquentando, enquanto sinais de um conflito maior começam a surgir.