Já se vão três meses desde que Iori Kitahara começou a morar em cima do Grand Blue, a loja de mergulho do tio, e a fazer parte do Clube de Mergulho da universidade. Junto com a galera, ele tem vivido na farra, enchendo a cara e se divertindo sem pensar nas consequências. No entanto, quando a irmã do Iori, Shiori, fica sabendo das peripécias do irmão, ela resolve meter a mão na massa e trazer o irmão de volta pra casa, pra assumir o negócio da família, uma pousada.

Apesar de dar o sangue, Shiori acaba jogando a toalha temporariamente ao ver como o Iori se apegou ao Grand Blue e aos novos amigos. Enquanto o Iori e o pessoal do Clube de Mergulho continuam naquela vida de "hoje é dia de maldade", eles se metem em cada roubada hilária, mas, de algum jeito, ainda conseguem aprimorar as habilidades no mergulho!