Após a mega operação que acabou com a prisão do novato Kafka Hibino — o famoso Kaiju nº 8 — a Força de Defesa ficou sem saber muito bem o que fazer com ele. Pela primeira vez na história, um kaiju resolveu ficar do lado dos humanos e, depois de muita discussão, eles acabam mandando o Kafka pra Primeira Divisão. A ideia é simples: juntar o poder absurdo dele com a tropa mais casca-grossa de todas, aquela que encara qualquer ameaça sem piscar.

Só que, claro, nem todo mundo engole essa história de “kaiju do bem” tão fácil assim. Muita gente ainda olha torto pra ele, desconfiada, e o Kafka precisa ralar pra provar que merece estar ali na próxima missão.

Não demora muito e ele e o pessoal da Primeira Divisão são enviados pro front quando um enxame gigantesco de kaijus parecidos com formigas começa a tocar o terror. A operação até parece andar nos trilhos, graças à força bruta da Kikoru Shinomiya, amiga do Kafka, e à liderança do capitão Gen Narumi, que não é exatamente flor que se cheire, mas manda muito bem.

Só que aí a coisa desanda de vez: na hora H, o Kafka simplesmente não consegue se transformar em kaiju. E, como se não bastasse, quem aparece pra estragar tudo é ninguém menos que o terrível Kaiju nº 9, com um único objetivo na cabeça: apagar o Kafka do mapa e roubar o poder dele. A situação fica preta, um verdadeiro abismo se abrindo sob os pés deles.

Mesmo com o cenário indo ladeira abaixo, o Kafka precisa encarar a prova mais difícil da vida, ombro a ombro com os companheiros, se quiser continuar correndo atrás do sonho que carrega desde moleque: lutar lado a lado com sua amiga de infância, Mina Ashiro, agora capitã da Terceira Divisão. É tudo ou nada — ou ele se ergue como um verdadeiro aliado da humanidade, ou é engolido pelo próprio destino.