Miharu Rokujou é um estudante apático que carrega dentro de si o poder secreto do Nabari, um mundo ninja oculto na sociedade moderna. Sem querer se envolver, ele é arrastado para conflitos entre clãs que desejam controlar essa força capaz de mudar o destino do mundo. Guiado por seu professor ninja e novos aliados, Miharu precisa decidir se usará o poder para proteger ou destruir, enquanto enfrenta traições, segredos do passado e o peso de se tornar o rei de Nabari.