Jougorou Kobato tem uma mania de se meter nas confusões alheias. Depois de cair a ficha de que suas habilidades como detetive não são nem um pouco desejadas ou valorizadas, ele faz um pacto com seu amigo tímido, Yuki Osanai, pra tentarem ser pessoas normais juntos. Agora, entrando no ensino médio, eles querem passar despercebidos, mas Kobato não consegue evitar de voltar aos seus métodos dedutivos diante dos mistérios do dia a dia.

Infelizmente, não são só situações corriqueiras que a dupla encontra pelo caminho. Enquanto tentam não chamar atenção na escola, Kobato e Osanai às vezes se veem em meio a encrencas que colocam seu plano de uma vida tranquila e comum em xeque.