Yoichi Isagi estava a um triz de marcar um gol que levaria seu time do colégio para os nacionais, mas um impulso do momento de passar a bola pro colega jogou essa chance pela janela. Amargurado, confuso e desapontado, Isagi fica se perguntando se a história não teria sido outra se ele tivesse segurado a bola. Quando o jovem atacante chega em casa, uma surpresa da Federação Japonesa de Futebol o espera. Num processo cheio de dedo-duro e escolhas questionáveis, Isagi é um dos trezentos atacantes sub-18 escolhidos para um projeto polêmico chamado Blue Lock.

O objetivo final do projeto é lapidar um desses jogadores para se tornar o atacante estrela da seleção japonesa. Pra descobrir quem é o craque da vez, cada joia bruta tem que encarar os outros numa série de competições individuais e em equipe, numa verdadeira batalha pra chegar lá em cima. Deixando de lado seus questionamentos sobre a moralidade do projeto, Isagi se vê na obrigação de lutar com unhas e dentes pra ser o número um, mesmo que isso signifique esmagar os sonhos de 299 jovens atacantes cheios de esperança.