Em um futuro próximo, a engenheira Mei Kamino e o técnico Yun Arikawa investigam fenômenos misteriosos envolvendo criaturas e equações impossíveis. Quando sinais anômalos surgem pelo mundo, eles descobrem uma conexão entre tecnologia avançada, mitos antigos e uma ameaça colossal que pode destruir a realidade. Enquanto Godzilla desperta, Mei e Yun correm contra o tempo para decifrar códigos, enfrentar monstros e impedir um desastre global que desafia as leis da física e do espaço tempo.