No ano de 2012 o Japão foi invadido pelo Mu. Seres humanos de outra dimensão com sangue azul.

No ano de 2015, Tóquio é atacada por invasores, que são repelidos por uma arma humanóide chamada Dolem. Durante o caos, Ayato Kamina conhece Reika Mishima, uma colega de classe.

Durante o mesmo dia, ele é atacado por oficiais do governo, mas uma mulher chamada Haruka vem em seu socorro, informando que ela foi enviada para levá-lo pela Organização TERRA, e que Tóquio foi fechada em uma fenda onde o tempo corre um terço. tão rápido quanto o mundo exterior.

Ele foge de Haruka em um trem, onde ele vê Reika mais uma vez. Chegando na Sala de Rah, ele a segue até um tremendo ovo de onde nasceu o Dolem RahXephon e, ao cantar, sua mãe aparece no topo da Dolem que havia parado a invasão TERRA. Na batalha, a mãe de Ayato é ferida, e Ayato foge de Tokyo Jupiter com Haruka.

(Auto Tradução / Temporário)