Nande Koko ni Sensei ga!? acompanha Ichiro Sato, um estudante azarado que vive situações extremamente constrangedoras com sua professora Kana Kojima. Em encontros inesperados em locais como a escola, a piscina e até a casa dele, mal-entendidos picantes surgem o tempo todo. Enquanto tentam manter a compostura e evitar escândalos, a proximidade entre aluno e professora cresce, gerando momentos cômicos, românticos e cheios de fanservice.