Arata Miyako é o novo funcionário do Departamento de Relações Noturnas em Shinjuku, setor que lida com seres sobrenaturais chamados Anothers. Ele descobre ter a habilidade de entender a linguagem dessas criaturas, algo raro entre humanos. Trabalhando ao lado de colegas excêntricos, Arata precisa mediar conflitos entre o mundo humano e o oculto, enfrentando lendas urbanas, deuses esquecidos e espíritos vingativos. Enquanto tenta manter a paz na cidade, ele desvenda segredos sobre seu próprio passado e sobre uma figura misteriosa que muitos Anothers confundem com alguém lendário.