Em uma escola de elite do governo japonês, os alunos recebem liberdade total e benefícios conforme seu desempenho. Ayanokouji Kiyotaka entra na Classe D, onde são colocados os estudantes considerados problemáticos. Apesar de parecer comum e apático, ele esconde grande inteligência e habilidades estratégicas. Ao lado da orgulhosa Horikita Suzune e da sociável Kushida Kikyou, Ayanokouji enfrenta provas cruéis, jogos mentais e disputas entre classes, onde confiança é rara e cada ação pode definir o futuro acadêmico e social dos alunos.