Em um mundo paralelo, a Terra é atacada por criaturas conhecidas como Nightfly O’Note. Para combatê las, é criado o esquadrão Scared Rider Xechs formado por seis jovens pilotos que controlam poderosas unidades de combate. Após várias derrotas, o time é desativado até a chegada de uma nova instrutora que busca reerguer o grupo. Enquanto enfrentam batalhas intensas e mistérios sobre a origem dos inimigos, os pilotos lidam com seus traumas, laços de amizade e sentimentos conflitantes, descobrindo o verdadeiro significado de lutar para proteger o que amam.