Em um futuro distante, a guerra entre a Federação Terrestre e os remanescentes de Zeon reacende quando o estudante Banagher Links encontra a misteriosa Audrey Burne e o poderoso mobile suit Unicorn Gundam. Envolvido em um conflito político mortal, Banagher descobre segredos que podem mudar o destino do universo. Enquanto batalhas espaciais intensas explodem, ele precisa decidir em quem confiar e qual caminho seguir. A chave para a paz ou para a destruição total pode estar nas mãos de um único piloto e de uma arma lendária.