Risa Koizumi é uma garota alta e atrapalhada, enquanto Atsushi Ōtani é um garoto baixo e explosivo. Vistos como dupla cômica da escola, vivem brigando e fazendo piadas um com o outro. Quando ambos levam foras de seus respectivos amores, passam a se apoiar e a compartilhar inseguranças sobre altura e aparência. Aos poucos, a amizade intensa começa a se transformar em algo mais profundo, mas o orgulho e o medo de serem ridicularizados complicam a relação. Lovely★Complex acompanha esse romance divertido e cheio de mal entendidos.