Clockwork Planet se passa em um mundo onde a Terra foi reconstruída com engrenagens e maquinários após sua destruição. Mil anos depois, Naoto Miura, um estudante e entusiasta de mecânica, encontra RyuZU, uma autômata avançada que caiu do céu. Junto com o gênio engenheiro Marie Bell Breguet e seu guarda-costas androide Halter, eles embarcam em uma jornada para evitar uma crise que ameaça o planeta. A história explora temas de amizade, tecnologia e a luta para salvar um mundo à beira do colapso, tudo isso em meio a um cenário steampunk fascinante.