Em um futuro onde o Japão foi parcialmente submerso, cidades costeiras dependem de frotas marítimas para proteção. A jovem Akeno Misaki entra na escola naval Yokosuka para se tornar integrante da Blue Mermaids, força de defesa marítima. Designada capitã do navio escolar Harekaze, ela e sua tripulação enfrentam incidentes misteriosos, perseguições e batalhas em alto mar. Enquanto tentam provar sua inocência diante de acusações injustas, as garotas fortalecem laços de amizade, aprendem táticas navais e amadurecem em meio a desafios que colocam em risco suas vidas e o futuro da frota.