Em um futuro onde a humanidade é atacada por criaturas chamadas Savages, a única arma capaz de enfrentá las é o Hundred. Hayato Kisaragi ingressa na Little Garden, uma academia militar flutuante, para se tornar Slayer e proteger o mundo. Lá, ele conhece Emilia, uma misteriosa garota que afirma ter um passado com ele, e Claire, a rígida presidente do conselho estudantil. Enquanto treina e luta, Hayato descobre segredos sobre sua própria habilidade e a verdadeira natureza dos Savages.