Após falhar em salvar Kurisu, Okabe abandona sua persona de cientista louco e tenta levar uma vida comum, atormentado por traumas e arrependimentos. Quando uma nova tecnologia de inteligência artificial recria a memória de Kurisu, ele é forçado a confrontar o passado e as consequências de suas escolhas. Em meio a conspirações, guerras futuras e linhas do tempo instáveis, Okabe precisa decidir se enfrentará novamente o sofrimento para proteger aqueles que ama e encontrar um futuro em que o sacrifício de Kurisu não tenha sido em vão.