Em Prison School cinco garotos entram em um colégio feminino rigoroso que acaba de aceitar alunos homens. Logo no início eles são pegos espionando as garotas no banho e são condenados a cumprir pena no presídio escolar administrado pelo Conselho Estudantil Secreto. Entre castigos bizarros, planos de fuga e situações constrangedoras eles tentam sobreviver ao regime cruel das monitoras enquanto fortalecem amizades improváveis e enfrentam conflitos amorosos e muita comédia absurda.