Em um mundo dominado por criaturas devoradoras de humanos chamadas Youma, surge uma organização que cria guerreiras meio humanas meio monstros conhecidas como Claymores. Clare é uma dessas guerreiras e viaja de cidade em cidade exterminando Youma enquanto esconde um passado trágico. Ao conhecer o jovem Raki, ela começa a questionar sua própria humanidade e seu destino. A história acompanha batalhas brutais, intrigas da organização e o risco constante de as Claymores perderem o controle e se transformarem nas mesmas criaturas que caçam.