Em "Charlotte", Yuu Otosaka possui a habilidade de possuir brevemente outras pessoas, o que ele usa para melhorar suas notas na escola. Sua vida muda drasticamente quando Nao Tomori, uma garota com o poder de tornar-se invisível para uma pessoa específica, o descobre e o força a transferir-se para a Academia Hoshinoumi. Lá, ele se junta ao conselho estudantil, e juntos, eles realizam tarefas para encontrar e proteger outros adolescentes com habilidades especiais, enfrentando desafios emocionais e perigos inesperados. Este anime mistura elementos sobrenaturais com drama e comédia, explorando temas de amizade, sacrifício e o peso das escolhas.