Super Milk-chan acompanha Milk, uma garotinha irreverente que na verdade é uma espécie de heroína “oficial” do governo. Preguiçosa e sem noção, ela vive em um apartamento bagunçado com sua babá Tetsuko e o robô Hanage. Em vez de salvar o mundo com bravura, Milk prefere fazer piadas ácidas, assistir TV e se meter em confusões absurdas. A série mistura humor nonsense, crítica social e situações surreais, parodiando programas infantis e a cultura pop japonesa.