Di Gi Charat Nyo acompanha Dejiko, uma princesa alienígena do planeta Di Gi Charat, que vem à Terra para treinar como futura governante. Ela passa a viver em uma loja de games com sua amiga Puchiko e o guardião Gema, enquanto conhece a humana Rabi en Rose e outros personagens excêntricos. Entre confusões cotidianas, trabalho na loja e rivalidades cômicas, Dejiko tenta aprender responsabilidade e amizade, usando seus poderes especiais em situações absurdas e engraçadas.