Em um Japão alternativo, dois misteriosos adolescentes conhecidos como Nine e Twelve executam ataques terroristas em Tóquio, deixando enigmas para a polícia decifrar. Ex integrantes de um projeto secreto do governo, eles buscam expor a verdade por trás de experimentos desumanos. Enquanto a detetive Shibazaki tenta compreender seus motivos, uma colega de classe solitária se envolve com a dupla. Entre perseguições, códigos e memórias traumáticas, a linha entre vilões e vítimas se torna cada vez mais tênue.