Em um futuro em que o Sistema Sibyl determina o potencial criminoso de cada cidadão, a inspetora Akane Tsunemori enfrenta novos desafios após os eventos da primeira temporada. Uma série de ataques brutais revela falhas ocultas no sistema e coloca em dúvida a verdadeira definição de justiça. Com novos colegas e sem antigos aliados, Akane precisa equilibrar sua fé em Sibyl com sua própria moralidade enquanto persegue um misterioso criminoso que manipula o coeficiente criminal das pessoas e ameaça desestabilizar toda a sociedade.