Em um futuro próximo, a humanidade foi dizimada por um vírus parasita conhecido como Gastrea. Os sobreviventes vivem em áreas protegidas, cercadas por muros feitos de Varanium, um metal capaz de repelir os Gastreas. Rentaro Satomi, junto com sua parceira Enju Aihara, uma "Cursed Child" com poderes obtidos através do vírus Gastrea, trabalha para a Tendo Civil Security, enfrentando ameaças dos Gastreas para proteger a cidade e seus habitantes. Enquanto lutam, eles descobrem conspirações e segredos que podem mudar o mundo. "Black Bullet" combina ação, drama e elementos de ficção científica em uma luta pela sobrevivência da humanidade.