"Blue Seed" segue a história de Momiji Fujimiya, uma garota comum até que ela descobre ser descendente da lendária Princesa Kushinada. Quando o Japão começa a ser atacado por monstros antigos chamados Aragami, que buscam destruir a humanidade, Momiji é a chave para detê-los devido ao seu sangue especial. Ela se junta a uma organização secreta chamada TAC, liderada por Kunikida, para lutar contra os Aragami. Enquanto enfrenta essas ameaças, ela também deve lidar com seu relacionamento complicado com Kusanagi, um guerreiro misterioso ligado aos Aragami. Juntos, eles lutam para proteger o Japão e desvendar os segredos por trás dos Aragami.