Em AKB0048: Next Stage, as sucessoras das idols continuam a lutar para levar esperança a planetas onde o entretenimento é proibido. Enquanto enfrentam ataques da DES e conflitos políticos crescentes, as meninas lidam com rivalidades internas, novos testes para se tornarem Center Nova e o peso do legado das integrantes originais. Entre shows clandestinos, treinamentos intensos e descobertas sobre o verdadeiro poder da música, elas precisam decidir até onde estão dispostas a ir para proteger seus fãs e o futuro do grupo.