Em um futuro distante, colonos humanos descobrem o misterioso mecha Ideon em um planeta remoto. Quando uma antiga raça alienígena entra em conflito com eles, a tripulação improvisada da nave Solo Ship é forçada a lutar para sobreviver. O poder ilimitado do Ideon cresce com o desespero humano, levando a batalhas cada vez mais devastadoras. Enquanto tentam proteger civis e crianças, os protagonistas enfrentam dilemas morais e o risco de destruição total do universo.