Wataru retorna à ilha habitada por suas doze irmãs carinhosas, cada uma com personalidade única e laços profundos com ele. Em Sister Princess Re Pure o foco está nas emoções e no cotidiano dessas garotas enquanto lidam com sentimentos de afeto, ciúmes e amadurecimento. Cada episódio destaca uma irmã específica revelando memórias, inseguranças e desejos. A série explora relações familiares idealizadas com clima calmo e contemplativo mostrando como Wataru influencia e é influenciado por suas irmãs enquanto todos buscam compreender melhor seus próprios corações.