Em um mundo onde máquinas de combate gigantes em forma de animais chamadas Zoids dominam os campos de batalha, o jovem Van encontra o lendário Zoid organoide Zeke e a misteriosa garota Fiona. Juntos eles viajam por diversos territórios enfrentando rivais perigosos e exércitos poderosos enquanto desvendam segredos antigos sobre o passado dos Zoids. A jornada transforma Van de garoto impulsivo em piloto habilidoso e herói relutante em meio a conspirações militares e conflitos que ameaçam o equilíbrio do planeta.