Um misterioso incêndio em um parque deixa apenas um garoto vivo, visto por Sakura Sakurakouji da janela do ônibus escolar. No dia seguinte, ela descobre que o garoto, Rei Ogami, é seu novo colega de classe. Apesar de parecer gentil, ele é um Code Breaker, um executor secreto com poderes de chamas azuis que elimina criminosos sem piedade. Determinada a impedi lo de matar, Sakura tenta alcançar a humanidade de Ogami enquanto se envolve em uma conspiração repleta de usuários de poderes especiais, justiça distorcida e segredos do governo.