Inazuma Eleven Go é a continuação da aclamada série Inazuma Eleven, situada dez anos após os eventos do torneio Football Frontier International, onde a equipe Raimon Junior High conquistou a vitória. A história segue Matsukaze Tenma, um estudante do primeiro ano na Raimon Junior High, que é apaixonado por futebol e sonha em se juntar ao clube de futebol da escola, que outrora foi famoso por suas conquistas esportivas. No entanto, o cenário do futebol juvenil mudou drasticamente sob a supervisão da organização Fifth Sector, que agora controla rigorosamente os resultados dos jogos, sufocando o espírito de competição verdadeira e paixão pelo jogo.

Tenma descobre que o clube de futebol da Raimon está à beira da extinção, com jogadores desmotivados e resultados manipulados. Apesar desses obstáculos, sua paixão inabalável pelo futebol e seu desejo de jogar com liberdade e justiça o levam a desafiar o sistema estabelecido pela Fifth Sector. Ao longo do caminho, ele faz novos amigos e reúne uma equipe determinada a trazer a alegria e a emoção genuínas de volta ao futebol, enfrentando adversários formidáveis e desvendando os mistérios por trás da autoridade opressiva da Fifth Sector.

Inazuma Eleven Go explora temas de amizade, perseverança e a luta contra a corrupção, enquanto apresenta partidas de futebol emocionantes repletas de técnicas especiais e estratégias inovadoras, mantendo o espírito inspirador e aventureiro característico da série original.