Em Ginga Hyouryuu Vifam 13, um grupo de crianças sobrevive a um ataque inimigo e fica isolado em uma nave espacial longe de seu planeta natal. Sem adultos para guiá las, elas precisam aprender a pilotar o mecha Vifam, enfrentar perigos constantes e cooperar para encontrar um caminho de volta para casa. Durante a jornada, laços de amizade se fortalecem enquanto cada um amadurece diante de batalhas espaciais e mistérios sobre a guerra que os envolve.