Dan Bashin é transportado para um futuro dominado por invasores chamados Máquinas X. Lá ele conhece o jovem herói Magisa e se une à resistência para salvar o mundo por meio de batalhas de cartas Battle Spirits. Usando novos espíritos e estratégias, Dan enfrenta poderosos oponentes enquanto busca respostas sobre o que aconteceu com seus antigos amigos e com o próprio mundo. A jornada o força a amadurecer e a tomar decisões difíceis em meio a conflitos intensos e reviravoltas.