Tide-Line Blue se passa após uma catástrofe global conhecida como "Hammer of Eden" que submergiu 90% da Terra sob a água, levando a humanidade ao caos. A história segue um jovem chamado Keel, que vive em uma era de reconstrução e conflitos. Ele se encontra no meio de uma luta pelo poder entre a recém-formada "Federação da Unidade" e os que desejam manter o status quo. Enquanto Keel busca seu irmão gêmeo perdido, ele se depara com segredos que podem decidir o futuro da humanidade.