Tomoharu continua ligado ao Asura Machina e à fantasma Misao enquanto tenta impedir o colapso entre mundos paralelos. Agora ciente das consequências de suas escolhas passadas, ele precisa enfrentar novas organizações, versões alternativas de amigos e inimigos, além de segredos sobre sua própria existência. Em meio a batalhas com mechas e conflitos entre dimensões, Tomoharu luta para proteger aqueles que ama e encontrar um futuro em que todos possam sobreviver.