Natsume continua vendo espíritos e guardando o Livro de Amigos herdado de sua avó Reiko. Ao lado de Nyanko sensei, ele devolve os nomes dos youkai e enfrenta lembranças dolorosas do passado. Nesta nova fase, Natsume se aproxima mais dos amigos humanos e passa a confiar neles, enquanto descobre segredos sobre Reiko e sobre si mesmo. Entre encontros com espíritos solitários e perigos que cercam o livro, ele tenta encontrar um lugar onde realmente pertença.
