“Para se obter algo, é preciso dar algo de valor igual em troca”

A alquimia esta ligada a lei da troca equivalente – algo que os jovens irmãos Edward e Alphonse Elric apenas perceberam após um tentativa de transmutação humana: Um dos atos proibidos da alquimia. Eles pagaram um preço terrível por sua transgressão – Edward perdeu sua perna, Alphonse seu corpo físico. Em uma tentativa desesperada Edward sacrifica seu braço esquerdo conseguindo fixar a alma de seu irmão em uma armadura. Devastados e sozinhos é a esperança de ambos eventualmente recuperarão seus corpos que da Edward a inspiração para obter membros de metal chamados de “automail” e se tornar um alquimista do estado, o alquimista de aço.

Três anos de procura depois, os irmão procuram a pedra filosofal, uma relíquia mística que permite o alquimista ignorar a lei da troca equivalente. Mesmo com os aliados militares Coronel Roy Mustang, Tenente Riza Hawkeye, e o Coronel Maes Hughes ao seu lado. Os irmãos encontram-se pegos em uma conspiração que envolve toda a nação que leva não só a verdadeira natureza da pedra filosofal, mas também á historia suja de seu pais. Entre achar um serial killer e correr contra o tempo , Edward e Alphonse devem se perguntar se o que estão fazendo lhes tornara humanos de novo… ou tomará sua humanidade.