Em D.C.S.S: Da Capo Second Season, dois anos se passaram desde os eventos anteriores e a vida na ilha de Hatsunejima parece tranquila. Junichi continua sua rotina com amigos e familiares, até que Sakura retorna após longo tempo distante. A volta dela desperta antigas lembranças e sentimentos, abalando os relacionamentos construídos. Enquanto o misterioso poder da ilha volta a se manifestar, Junichi precisa lidar com escolhas do coração e com o peso do passado, buscando um novo começo para todos.