Chinami Ebihara possui o poder de emitir ondas eletromagnéticas que interferem em aparelhos eletrônicos. Após aprender a controlar essa habilidade, ela se junta a uma organização que protege pessoas com poderes semelhantes. Em Mission E, Chinami e seus amigos enfrentam novas ameaças envolvendo corporações e grupos que desejam explorar essas capacidades especiais. Enquanto lida com missões perigosas, ela tenta levar uma vida normal, equilibrando estudos, amizades e romance. A série combina ação, comédia e ficção científica, mostrando o amadurecimento de Chinami e o fortalecimento dos laços com sua equipe.