Spike Spiegel, um rapaz com o passado misterioso e Jet Black, um ex-policial, se unem para ir atrás de criminosos que possuem a cabeça a prêmio, dentro da nave “Bebop”.

Ao longo do caminho eles se encontram com personagens nada comuns, um cão muito raro que possui grande inteligência, Ein, a gananciosa e fatal Feye Valentine e muitos outros.

Cowboy Bebop foi um anime inovador, quebrando os estilos tradicionais e criando uma nova regra, considerado por muitos não apenas um título, e sim um gênero por si só.