Tadayasu Sawaki é um universitário com a habilidade rara de ver e conversar com microrganismos. Em Moyashimon: Kin Gekijou Deluxe ele vive esquetes curtas e cômicas que exploram o cotidiano no laboratório, curiosidades sobre fermentação e as personalidades excêntricas dos micróbios. Cada episódio apresenta situações absurdas envolvendo ciência, comida e amizade enquanto os microrganismos comentam tudo com muito humor.