Em um futuro distante, a humanidade vive isolada em gigantescas estruturas controladas por sistemas fora de controle. Killy, um homem silencioso armado com um poderoso canhão, percorre os labirintos da Megastrutura em busca de humanos que ainda possuam o gene de acesso à Rede. Durante sua jornada, ele encontra ciborgues, criaturas hostis e ruínas de antigas civilizações. Blame! Special apresenta um recorte dessa viagem sombria e solitária, explorando a luta pela sobrevivência em um mundo dominado por máquinas e pela arquitetura infinita.