Riki Naoe e os Little Busters acolhem três novas garotas enigmáticas em seu grupo: Saya, Sasami e Kanata. Cada uma esconde segredos profundos ligados ao mundo em que vivem e ao passado de Riki. Ao se aproximar delas, Riki enfrenta desafios perigosos, conflitos emocionais e verdades que abalam sua visão da realidade. Little Busters EX expande a história original com rotas alternativas revelando mistérios ocultos e o verdadeiro peso das amizades que sustentam o time.