Chocotan! acompanha Nao, uma garota tímida que ama seu cachorro Chocotan, uma dachshund que ganhou a habilidade de falar após comer uma planta misteriosa. Com esse segredo compartilhado, Chocotan tenta ajudar Nao em sua vida diária e em seu amor não correspondido por um garoto chamado Arima. Enquanto enfrentam situações engraçadas e emocionantes, as duas fortalecem sua amizade e aprendem a se entender melhor.