Kobato é uma jovem ingênua e cheia de energia que sonha em fazer amigos e viver experiências típicas de uma garota da sua idade. Ao entrar em um novo ambiente escolar ela se vê cercada por situações constrangedoras e mal entendidos que testam sua coragem e inocência. Entre paixões adolescentes descobertas embaraçosas e momentos cômicos Kobato aprende aos poucos a lidar com seus sentimentos e com as pessoas ao seu redor enquanto tenta encontrar seu lugar no mundo.